Den største forskel er forskellen i det aktive materiale. Det aktive materiale i det sekundære batteri er reversibelt, mens det aktive materiale i det primære batteri ikke er reversibelt. Det primære batteris selvafladning er meget mindre end det sekundære batteris, men den interne modstand er meget større end det sekundære batteris, så belastningskapaciteten er lavere.
Derudover er det primære batteris massespecifikke kapacitet og volumenspecifikke kapacitet større end almindelige genopladelige batterier.
